### R code from vignette source 'MoranI.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: MoranI.Rnw:19-20 ################################################### options(width = 80, prompt = "> ") ################################################### ### code chunk number 2: MoranI.Rnw:119-123 ################################################### body <- c(4.09434, 3.61092, 2.37024, 2.02815, -1.46968) longevity <- c(4.74493, 3.3322, 3.3673, 2.89037, 2.30259) names(body) <- names(longevity) <- c("Homo", "Pongo", "Macaca", "Ateles", "Galago") ################################################### ### code chunk number 3: MoranI.Rnw:129-135 ################################################### library(ape) trnwk <- "((((Homo:0.21,Pongo:0.21):0.28,Macaca:0.49):0.13,Ateles:0.62)" trnwk[2] <- ":0.38,Galago:1.00);" tr <- read.tree(text = trnwk) plot(tr) axisPhylo() ################################################### ### code chunk number 4: MoranI.Rnw:141-143 ################################################### w <- 1/cophenetic(tr) w ################################################### ### code chunk number 5: MoranI.Rnw:147-148 ################################################### diag(w) <- 0 ################################################### ### code chunk number 6: MoranI.Rnw:152-153 ################################################### Moran.I(body, w) ################################################### ### code chunk number 7: MoranI.Rnw:173-174 ################################################### Moran.I(body, w, alt = "greater") ################################################### ### code chunk number 8: MoranI.Rnw:179-180 ################################################### Moran.I(longevity, w) ################################################### ### code chunk number 9: MoranI.Rnw:241-244 ################################################### data(carnivora) carnivora$log10SW <- log10(carnivora$SW) carnivora$log10FW <- log10(carnivora$FW) ################################################### ### code chunk number 10: MoranI.Rnw:248-251 ################################################### fm1.carn <- log10SW ~ Order/SuperFamily/Family/Genus co1 <- correlogram.formula(fm1.carn, data = carnivora) plot(co1) ################################################### ### code chunk number 11: MoranI.Rnw:266-269 ################################################### fm2.carn <- log10SW + log10FW ~ Order/SuperFamily/Family/Genus co2 <- correlogram.formula(fm2.carn, data = carnivora) print(plot(co2)) ################################################### ### code chunk number 12: MoranI.Rnw:277-278 ################################################### plot(co2, FALSE)