### R code from vignette source 'geepack-manual.Rnw'

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### code chunk number 1: geepack-manual.Rnw:16-19
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require( geepack )
prettyVersion <- packageDescription("geepack")$Version
prettyDate <- format(Sys.Date())


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### code chunk number 2: geepack-manual.Rnw:74-76
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library(geepack)
citation("geepack")


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### code chunk number 3: geepack-manual.Rnw:107-118
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library(geepack)
n_cluster <- 6
n_time    <- 5
set.seed(1213)
timeorder <- rep(1:n_time, n_cluster)
tvar      <- timeorder + rnorm(length(timeorder))
idvar  <- rep(1:n_cluster, each=n_time)
uuu    <- rep(rnorm(n_cluster), each=n_time) # A 'random intercept'
yvar   <- 1 + 2 * tvar + uuu + rnorm(length(tvar))
simdat <- data.frame(idvar, timeorder, tvar, yvar)
head(simdat, 12)


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### code chunk number 4: geepack-manual.Rnw:127-129
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mod1 <- geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdat, corstr="ar1")
mod1


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### code chunk number 5: geepack-manual.Rnw:145-149
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set.seed(123)
simdatPerm <- simdat[sample(nrow(simdat)),]
simdatPerm <- simdatPerm[order(simdatPerm$idvar),]
head(simdatPerm)


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### code chunk number 6: geepack-manual.Rnw:158-160
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mod2 <- geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdatPerm, corstr="ar1")
mod2


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### code chunk number 7: geepack-manual.Rnw:167-170
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simdatPerm2 <- simdat[order(simdat$timeorder),]
head(simdatPerm2)
geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdatPerm2, corstr="ar1")


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### code chunk number 8: geepack-manual.Rnw:176-180
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wav <- simdatPerm$timeorder
wav
mod3 <- geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdatPerm, corstr="ar1", waves=wav)
mod3


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### code chunk number 9: geepack-manual.Rnw:189-195
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cor.fixed <- matrix(c(1    , 0.5  , 0.25,  0.125, 0.125,
                      0.5  , 1    , 0.25,  0.125, 0.125,
                      0.25 , 0.25 , 1   ,  0.5  , 0.125,
                      0.125, 0.125, 0.5  , 1    , 0.125,
                      0.125, 0.125, 0.125, 0.125, 1     ), 5, 5)
cor.fixed


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### code chunk number 10: geepack-manual.Rnw:203-205
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zcor <- fixed2Zcor(cor.fixed, id=simdatPerm$idvar, waves=simdatPerm$timeorder)
zcor


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### code chunk number 11: geepack-manual.Rnw:214-216
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mod4 <- geeglm(yvar~tvar, id=idvar, data=simdatPerm, corstr="fixed", zcor=zcor)
mod4