### R code from vignette source 'sphet.Rnw'

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### code chunk number 1: optionsset
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options(prompt = "R> ", continue = "+  ", width = 70, useFancyQuotes = FALSE)


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### code chunk number 2: readdata
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library(sphet)
library(spdep)
data("boston", package = "spData")


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### code chunk number 3: defformula
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listw <- nb2listw(boston.soi)


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### code chunk number 4: generatecoordinates
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set.seed(1234)
X <- runif(100, 0, 70)
Y <- runif(100, -30, 20)
coord1 <- cbind(seq(1, 100), X, Y)


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### code chunk number 5: distance1
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thm1 <- distance(coord = coord1, region.id = NULL,
                 output = FALSE, type = "inverse", measure = "euclidean")
print(head(thm1))


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### code chunk number 6: distance2
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thm2 <- distance(coord1, region.id = NULL,
                 output = FALSE, type = "NN", nn = 6)
print(head(thm2))


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### code chunk number 7: distance3
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thm3 <- distance(coord1, region.id = NULL, output = TRUE,
                 type = "distance", cutoff = 1, measure = "gcircle",
                 shape.name = "shapefile", region.id.name = "id1",
                 firstline = TRUE, file.name = "dist_100.GWT")
class(thm3)


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### code chunk number 8: read
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id1 <- seq(1, nrow(boston.utm))
tmp <- distance(boston.utm, region.id = id1, output = TRUE,
                type = "NN", nn = 10, shape.name = "shapefile",
                region.id.name = "id1", firstline = TRUE,
                file.name = "boston_nn_10.GWT")
coldist <- read.gwt2dist(file = "boston_nn_10.GWT", region.id = id1, skip = 1)


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### code chunk number 9: read2
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class(coldist)


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### code chunk number 10: printsummarydist
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summary(coldist)


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### code chunk number 11: stslshac
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res <- stslshac(log(CMEDV) ~ CRIM + ZN + INDUS + CHAS + I(NOX^2) + I(RM^2)
                + AGE + log(DIS) + log(RAD) + TAX + PTRATIO + B + log(LSTAT),
                data = boston.c, listw,
                distance = coldist, type = "Triangular", HAC = TRUE)
summary(res)


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### code chunk number 12: stslshac1
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res <- stslshac(log(CMEDV) ~ CRIM + ZN + INDUS + CHAS + I(NOX^2) + I(RM^2)
                + AGE + log(DIS) + log(RAD) + TAX + PTRATIO + B + log(LSTAT),
                data = boston.c, listw, distance = coldist, HAC = FALSE)
summary(res)


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### code chunk number 13: stsls
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res <- spatialreg::stsls(log(CMEDV) ~ CRIM + ZN + INDUS + CHAS + I(NOX^2) + I(RM^2)
             + AGE + log(DIS) + log(RAD) + TAX + PTRATIO + B + log(LSTAT),
             data = boston.c, listw = listw)
summary(res)


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### code chunk number 14: stsls2
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res <- spatialreg::stsls(log(CMEDV) ~ CRIM + ZN + INDUS + CHAS + I(NOX^2) + I(RM^2)
             + AGE + log(DIS) + log(RAD) + TAX + PTRATIO + B + log(LSTAT),
             data = boston.c, listw = listw, robust = TRUE)
summary(res)


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### code chunk number 15: stslshac2
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fix <- max(unlist(attributes(coldist)$GeoDa$dist))
res <- stslshac(log(CMEDV) ~ CRIM + ZN + INDUS + CHAS + I(NOX^2) + I(RM^2)
                + AGE + log(DIS) + log(RAD) + TAX + PTRATIO + B + log(LSTAT),
                data = boston.c, listw, distance = coldist, type = "Parzen", bandwidth = fix)
summary(res)


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### code chunk number 16: gstslshet1
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res <- gstslshet(log(CMEDV) ~ CRIM + ZN + INDUS + CHAS + I(NOX^2) + I(RM^2)
                 + AGE + log(DIS) + log(RAD) + TAX + PTRATIO + B + log(LSTAT),
                 data = boston.c, listw = listw, initial.value = 0.2)
summary(res)


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### code chunk number 17: gstslshet2
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res <- gstslshet(log(CMEDV) ~ CRIM + ZN + INDUS + CHAS + I(NOX^2) + I(RM^2)
                 + AGE + log(DIS) + log(RAD) + TAX + PTRATIO + B + log(LSTAT),
                 data = boston.c, listw = listw, initial.value = 0.2,
                 inverse = FALSE, eps = 1e-18, sarar = FALSE )
summary(res)