bioconductor

Bioconductor 为高通量基因组数据的分析和可视化提供开源工具。Bioconductor多数软件包采用R统计编程语言开发。Bioconductor 每年释出两个版本,并有活跃的用户社区。

使用方法:

Bioconductor 镜像源配置文件之一是 ~/.Rprofile

注:R 的 ~ 在类 Unix 系统下为: $HOME (即 ~ ),在 Windows 下为: %USERPROFILE%\Documents ,具体路径可以在 R 中执行 path.expand("~") 查看。

在该文件末尾添加如下语句或在R/RStudio终端下键入:

options(BioC_mirror="https://mirror.sjtu.edu.cn/bioconductor")

即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。 命令如下:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("$package_name")

请访问官方网站获取更多信息。

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